中心设立指导委员会、学术委员会，《国外藏学研究》和《国外涉藏信息通讯》两个编辑部。

指导委员会：由学校党政主要领导、全国政协、统战部、中央保密局等单位相关领导，国内藏学权威学者以及中心主任等7-13人组成，负责研究中心的政策扶持和对《国外涉藏信息通讯》的政治指导。

学术委员会：由校内外重要学者（含国外藏学学者）7-13人组成。负责中心科研项目的设置和学术评估、《国外藏学研究》刊物及学术丛书的编辑和出版的学术业务把关。

中心设有专门的办公室、资料室（档案室），为中心研究工作提供服务。